カラギーナンは少なくともヒト消化管ではほとんど分解されないとされて食物繊維の一種とみられており、また多くの国で食品添加物として扱われている。工業的規模で利用されるようになったのは1930年代からだが、最初は中国で紀元前600年頃 (Gigartina)、次いでアイルランドで西暦400年頃、食用に用いられた。日本では、コトジツノマタやツノマタ、カギイバラノリなどを煮溶かして固め、「海藻コンニャク」、「ぶど」などの名で食用としてきた。
げっ歯類（ラット、モルモットなど）を用いた動物実験では、カラギーナンの分解物が消化管に潰瘍およびがんを引き起こすこと、またこの分解物は未分解カラギーナンから消化管で生成しうることが示されている。また未分解カラギーナンも発がんプロモーション作用があると報告されている。なおカラギーナンをげっ歯類に皮下注射すると炎症を惹起することが古くから知られ（カラゲニン浮腫と呼ばれ炎症の研究用モデルとしても用いられる）、この性質が潰瘍や発がんプロモーションに関係する可能性も考えられる。現在 IARC における発がん性リスク分類は、未分解カラギーナンについてグループ3（ヒトに対する発がん性は不明）、カラギーナン分解物についてはグループ2B（ヒトに対して発がん性の疑いがある）となっている。
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しかし、
多くの動物実験はヒトでは不可能なレベルの大量投与により行われている
カラギーナンによる発がんプロモーション作用はげっ歯類特有の腸内細菌叢による証拠がある
カラギーナンによる炎症はサルでは容易に起きない
などの理由から、カラギーナンによる悪影響はげっ歯類の特殊な性質であり、ヒトでは問題ないとする考えが現在では有力である。これに基づきFAO/WHO 合同食品添加物専門家委員会 (Joint FAO/WHO Expert Committee on Food Additives, JECFA) の第57回会議（2001年）では、1日許容摂取量を「特定せず」（つまり毒性リスクは事実上ゼロとみてよい）と決定し